上海交通大学口腔医学院的前身是震旦大学医学院牙医系，创建于1932年，迄今已有87年的办学历史。1952年9月，全国高等学校院系调整，由圣约翰大学医学院、同德医学院与震旦大学医学院合并，成立上海第二医学院，牙医系则改称为上海第二医学院口腔医学系，这是新中国成立初全国最早建立的4个口腔医学系之一。1987年10月，改名为上海第二医科大学口腔医学院。2005年7月，上海第二医科大学与上海交通大学合并，同年10月，随之更名为上海交通大学口腔医学院。
上海交通大学口腔医学是教育部第一批高等学校特色专业建设点，教育部“211工程”重点学科 ，上海市高峰学科建设，入选教育部“双一流学科”，上海市地方高校高水平建设学科。口腔临床医学是国家级重点学科、口腔基础医学是国家级重点（培育）学科和上海市重点学科，上海市临床重点专科，口腔颌面外科、口腔修复科、牙体牙髓病科、牙周病科、口腔正畸科和口腔黏膜病科为国家临床重点专科。中西医结合粘膜病学是国家中医药局重点学科。
上海交通大学口腔医学不仅是国家口腔疾病临床医学研究中心，也是上海市临床口腔医学中心，上海市重中之重临床医学研究中心。此外还拥有上海市口腔医学研究所、上海市口腔医学重点实验室、上海市口腔材料测试中心、上海市口腔临床质量控制中心、上海口腔医学先进技术与材料工程技术研究中心，同时也是国际口腔颌面外科医师协会授予的口腔颌面外科专科医师培训基地，是英国爱丁堡皇家外科学院在我国的唯一口腔颌面与头颈肿瘤培训中心和国际内固定修复学会颅颌面亚太培训中心，英国爱丁堡皇家外科学院国内唯一口腔正畸专科医师培训基地，英国爱丁堡皇家外科学院口腔正畸专科医师中国考试基地以及英国爱丁堡皇家外科学院口腔种植与修复专科医师培训考试中心。
上海交通大学口腔医学院是全国唯一拥有两位中国工程院院士的口腔医学院校。现有邱蔚六和张志愿两位中国工程院院士，有国家杰出青年基金获得者2名，教育部“长江学者”特聘教授2名，“青年长江学者”1名，卫生部有突出贡献中青年专家2名，“新世纪百千万人才工程”国家级人选2名，教育部新世纪人才计划1名，以及国家自然科学基金创新研究群体。2018年，邱蔚六院士荣获上海市“教育功臣”称号，张志愿院士是上海市“四有”好教师教书育人楷模。
近5年来，承担了国家级科研项目146项，其中国家重点研发计划项目（首席）7项，国家自然科学基金创新研究群体1项，国家自然科学杰出青年基金2 项，国家自然科学基金重点项目2项和重点国际合作研究项目1 项。发表SCI收录科研论文769篇，其中影响因子大于5分杂志发表71篇，影响因子大于10分杂志发表15篇。获得国家级及省、部级科技成果奖18 项，其中包括国家科技进步二等奖1项、上海市科技进步一等奖1项、教育部科技进步一等奖1项。先后建立了1个上海工程技术研究中心、3个上海市专业技术服务平台，历次评估均获“优良”。
口腔医学院作为我国高层次口腔医学专业人才的培养基地，是国家教学示范培训中心，是上海市实验教学示范中心，同时也是上海市口腔医学专业学位研究生实践示范基地。目前在校学生有口腔五年制、口腔5+3，口腔七年制、口腔八年制、硕士研究生、博士研究生等。口腔医学院的教学基地主要是上海交通大学医学院附属第九人民医院，有口腔综合治疗椅位506台，床位303张。
口腔医学院于1981年获得主管部门批准为博士学位授予点，1991年批准为博士后科研流动站。口腔医学院现有口腔专业博士研究生导师59名，硕士研究生导师54名。《口腔颌面外科学》、《口腔黏膜病学》和《口腔解剖学》为国家级精品课程，《口腔正畸学》为国家级全英语教学示范课程，“口腔颌面外科学”教学团队为国家级教学团队。《口腔修复学》、《口腔预防医学》、《口腔病理学》、《口腔免疫学》、《牙周病学》等是上海市精品课程；《口腔组织病理学》、《口腔颅颌面外科学》等是上海市全英语教学示范课程；《口腔黏膜病学》、《口腔修复学》、《口腔解剖学》、《口腔组织病理学》、《口腔正畸学》、《口腔预防医学》、《牙体牙髓病学》、《口腔颌面头颈肿瘤学》、《口腔黏膜系统整合课程》等是上海市教委重点课程。《3D数字化根管预备技术及评测虚拟仿真实验》是上海市首批虚拟仿真实验教学项目，《3D数字化根管预备技术及评测》是国家虚拟仿真实验教学项目。
学院牵头主编的多部口腔统编教材获全国高等医药院校优秀教材一、二等奖。教学成果方面，《创新能力导向的口腔医学生培养模式构建与实践》获得2018年国家级教学成果二等奖、2017年上海市级教学成果奖一等奖；《进阶式全周期口腔虚拟仿真实训教学模式的构建和实践》荣获2019年上海交通大学教学成果奖特等奖。
我院主办3本中文学术期刊和1本英文学术期刊。《上海口腔医学》为Medline收录期刊，《中国口腔颌面外科杂志》为中华口腔医学会口腔颌面外科专业委员会官方刊物，《口腔材料器械杂志》为中华口腔医学会口腔材料专业委员会会刊。英文学术期刊《Frontiers of Oral and Maxillofacial Medicine，FOMM》于2019年5月创刊。
上海交通大学口腔医学院与美国哈佛大学牙学院、美国波士顿大学牙学院、瑞典卡罗琳斯卡大学牙学院、日本大阪齿科大学、日本福冈齿科大学等近30所海外院校或学术机构建立了合作关系。曾多次成功主办国际学术会议，在国际上享有一定声誉。